Анализ генома показывает, что коронавирус может быть «химерой» двух разных вирусов

Ученый Университета Сорбонны, а также Института эволюции и биоразнообразия в своем интервью The Conversation приводит последние данные по анализу генома коронавируса.

Научный сотрудник Александр Хасанин считает, что новый коронавирус произошел от двух разных видов вирусов, которые могли объединиться.

В истории происхождения SARS-CoV-2 все еще много белых пятен. Молекулярный анализ, основанный на геномных последовательностях SARS-CoV-2, указывает на то, что он возник в ноябре 2019 года. Также известно, что в декабре 2019 года 27 из первых 41 госпитализированных (66%) побывали на рынке, расположенном в центре города Ухань в провинции Хубэй. Но, согласно исследованию, проведенному в Уханьской больнице, человек, которого можно назвать первым заболевшим, не посещал этот рынок. Это поднимает вопросы о связи между пандемией COVID-19 и дикой природой.

Геномные данные

Геном коронавируса SARS-CoV-2 был быстро секвенирован китайскими исследователями. Это молекула РНК, состоящая примерно из 30000 оснований, содержащая 15 генов, в том числе ген S, который кодирует белок, расположенный на поверхности вирусной оболочки. Для сравнения, наш геном в форме двойной спирали ДНК имеет около 3 миллиардов оснований и содержит около 30000 генов.

Сравнительный геномный анализ показал, что SARS-CoV-2 относится к группе бета-коронавирусов и что он очень близок к SARS-CoV, вызвавшему эпидемию острой пневмонии (SARS), которая возникла в ноябре 2002 года в китайской провинции Гуандун и распространилась на 29 стран в 2003 году. Всего в то время было зарегистрировано 8098 случаев SARS, в том числе 774 летальных.

С тех пор многие бета-коронавирусы были обнаружены, главным образом, у летучих мышей, хотя и у людей тоже. Например, RaTG13, обнаруженный у летучей мыши вида Rhinolophus affinis из китайской провинции Юнань, недавно был описан как очень похожий на SARS-CoV-2 – их последовательность генома идентична на 96%.  

Механизм рекомбинации

7 февраля 2020 года ученые узнали, что в панголине (чешуйчатый ящер) был обнаружен другой вирус, тоже близкий к SARS-CoV-2. Дальнейшие исследования показали, что вирус, выделенный из ящера, не несет ответственности за эпидемию COVID-19. Однако коронавирус, выделенный из панголина, оказался на 99% сходен с SARS-CoV-2 в конкретной области белка S, который позволяет вирусу проникать в человеческие клетки, чтобы заразить их.

В отличие от этого, вирус, выделенный из летучих мышей, имеет только 77% сходства. Это означает, что коронавирус, выделенный из панголина, способен проникать в клетки человека, тогда как коронавирус, выделенный из летучей мыши R. affinis, не способен.

Эти геномные сравнения показывают, что вирус SARS-Cov-2 является результатом комбинации двух различных вирусов, один из которых близок к вирусу летучей мыши, а другой – к вирусу панголина. Другими словами, новый коронавирус ­– это химера, образованная двумя ранее существовавшими вирусами.

Важно знать, что рекомбинация приводит к появлению нового вируса, потенциально способного инфицировать новый вид хозяина. Чтобы это случилось, два вируса должны были одновременно инфицировать один и тот же организм.

Два вопроса пока остаются без ответа. В каком организме произошла эта рекомбинация (летучая мышь, ящер или другой вид)? И при каких условиях? Исследования продолжаются.