Аналіз генома показує, що коронавірус може бути «химерою» двох різних вірусів

Вчений Університету Сорбонна, а також Інституту еволюції та біорізноманіття у своєму інтерв'ю The Conversation наводить останні дані з аналізу генома коронавірусу.

Науковий співробітник Александр Хасанін вважає, що новий коронавірус походить від двох різних видів вірусів, які могли об'єднатися.

У історії походження SARS-CoV-2 все ще багато білих плям. Молекулярний аналіз, заснований на геномних послідовностях SARS-CoV-2, вказує на те, що він виник у листопаді 2019 року. Також відомо, що у грудні 2019 року 27 з перших 41 госпіталізованих (66%) побували на ринку, розташованому в центрі міста Ухань у провінції Хубей. Але, згідно з дослідженням, проведеним в Уханьській лікарні, чоловік, якого можна назвати першим хворим, не відвідував цього ринку. Це порушує питання про зв'язок між пандемією COVID-19 і дикою природою.

Геномні дані

Геном коронавірусу SARS-CoV-2 був швидко секвенований китайськими дослідниками. Це молекула РНК, що складається приблизно з 30000 основ, вона містить 15 генів, у тому числі ген S, який кодує білок, розташований на поверхні вірусної оболонки. Для порівняння, наш геном у формі подвійної спіралі ДНК має близько 3 мільярдів основ і містить близько 30000 генів.

Порівняльний геномний аналіз показав, що SARS-CoV-2 відноситься до групи бета-коронавірусів і що він дуже близький до SARS-CoV, який викликав епідемію гострої пневмонії (SARS), що виникла в листопаді 2002 року в китайській провінції Гуандун і поширилася на 29 країн 2003 року. Всього на той час було зареєстровано 8098 випадків SARS, у тому числі 774 летальних.

Відтоді багато бета-коронавірусів були виявлені переважно у кажанів, хоча і у людей теж. Наприклад, RaTG13, виявлений у кажана виду Rhinolophus affinis з китайської провінції Юнань, нещодавно був описаний як дуже схожий на SARS-CoV-2 – їх послідовність генома ідентична на 96%.

Механізм рекомбінації

7 лютого 2020 року вчені дізналися, що у панголіна (лускатий ящір) було виявлено інший вірус, теж близький до SARS-CoV-2. Подальші дослідження показали, що вірус, виділений з ящера, не несе відповідальності за епідемію COVID-19. Однак коронавірус, виділений з панголіна, виявився на 99% схожий з SARS-CoV-2 у конкретній ділянці білка S, який дозволяє вірусу проникати в людські клітини, щоб заразити їх.

На відміну від цього вірус, виділений з кажанів, має тільки 77% схожості. Це означає, що коронавірус, виділений з панголіна, здатний проникати у клітини людини, тоді як коронавірус, виділений з кажана R. affinis, не здатний.

Ці геномні порівняння показують, що вірус SARS-Cov-2 є результатом комбінації двох різних вірусів, один з яких близький до вірусу кажана, а інший – до вірусу панголіна. Іншими словами, новий коронавірус – це химера, утворена двома вірусами, що раніше існували.

Важливо знати, що рекомбінація призводить до появи нового вірусу, потенційно здатного інфікувати новий вид господаря. Щоб це сталося, два віруси мали одночасно інфікувати один і той же організм.

Два запитання поки залишаються без відповіді. В якому організмі сталася ця рекомбінація (кажан, ящір або інший вид)? І за яких умов? Дослідження тривають.